Le préfet maritime exerce essentiellement quatre grandes missions :

Défense des droits souverains et des intérêts maritimes nationaux :

• Il s'agit de protéger le territoire national de toute menace venant de la mer. Pour cela, le préfet maritime contrôle, surveille les navires, la circulation et toutes les activités en mer.
• Il a un pouvoir réglementaire, il peut prendre des arrêtés pour interdire, suspendre ou autoriser telle ou telle activité.
• Il peut dérouter un navire qui présente un danger (cargaison, panne...) ou qui ne respecte pas la loi (exemple : pollution, pêche illicite...).
• Il fait respecter le code de navigation, notamment dans les dispositifs de séparation du trafic (DST).

Sauvegarde des personnes et des biens :

• Chaque année, plus de 8 000 interventions ont lieu en mer pour sauver des personnes, mais aussi pour assister les navires en difficulté.
• Le sauvetage des personnes est gratuit ; par contre celui des biens est rémunéré.

Protection et préservation du milieu marin :

• La mer est un espace naturel vivant, riche mais fragile qu'il faut préserver et protéger pour un développement durable au service de l'humanité.
• Le préfet maritime participe à la création des aires marines protégées (sites, zones, parcs) et fait respecter la réglementation en vigueur.
• Les activités humaines sont très nombreuses : commerce, pêche, éoliennes, extractions de sable, plaisance,...). Il faut faire cohabiter toutes ces activités afin de préserver les ressources du ilieu marin.
• Le préfet maritime participe à l'élaboration du développement des énergies marines renouvelables (telles que les éoliennes et les hydroliennes).
• Il a un rôle essentiel dans a luttecontre les pollutions maritimes en assurant la surveillance de l'espace maritime. Il déroute les navires pollueurs sur ordre du procureur de la République.

Maintien de l'ordre public :

• La mer est un espace de liberté mais certaines activités sont interdites par la loi pour assurer la paix et la sécurité de notre territoire. Ces activités sont nombreuses : trafics illégaux (stupéfiants, armes...), piraterie, actes terroristes et immigration clandestine.