Le préfet maritime est une autorité administrative, et il n'a aucun moyen nautique ou aérien qui lui est propre.

Pour agir et remplir ses missions, il dispose de l'ensemble des moyens des différentes administrations (Douanes, Affaires maritimes, Marine nationale, Gendarmerie) ainsi que de moyens privés affrétés (loués), comme les remorqueurs Abeille.

Il peut aussi, en cas d'urgence, réquisitionner des moyens privés.

En plus de ces moyens matériels, il peut faire appel à des organismes ou services spécialisés :

• Le Centre d'expertises pratiques de lutte antipollution (CEPPOL), organisme de la Marine nationale ;
• Le Laboratoire d'analyse, de surveillance et d'expertise de la Marine nationale (LASEM)
• Le Centre de documentation, de recherche et d'expérimentations sur les pollutions accidentelles des eaux (CEDRE)
• Les équipes d'expertise et d'intervention (EEI), qui peuvent se rendre sur les lieux d'un évènement pour analyser la situation et rendre compte au préfet maritime. Ils peuvent aussi intervenir dans les plus brefs délais. Ils sont souvent déployés par hélicoptère.