Il représente aussi chacun des ministres dans leur domaine de compétence en mer. Cette organisation est sous la responsabilité du Secrétariat Général de la Mer (SG-Mer).
Dans chaque préfecture maritime, chaque préfet dispose d'une équipe interministérielle composée d'agents des différentes administrations (Affaires maritimes, Douane, Gendarmerie, Commissariat des Armées et Marine nationale). Chacun, par son expérience différente, apporte ainsi une plus value dans le traitement des différents dossiers (règlementation, navigation, pollution...).
Sur la mer et dans les airs, le préfet maritime dispose de l'ensemble des moyens des différentes administrations. Il coordone ces moyens en donnant délégation permanente aux directeurs des Centres régionaux opérationnels de surveillance et de sauvetage (CROSS) et au Centre opérationnel de la Marine (COM). Il établit des plans d'urgence et de secours (Organisation de la réponse de sécurité civile ORSEC) qu'il teste régulièrement par des exercices. Ces plans apportent une réponse rapide et approprée aux différents évènements qui peuvent se produire en mer.
Il existe trois grands types de plans ORSEC qui contribuent à la sauvegarde de la vie humaine ainsi qu'à la protection de l'environnement :
De plus, le préfet maritime travaille en coordination avec les autorités locales telles que les préfets, les maires, les agences et associations de protection du milieu marin.
