Une des responsabilités du préfet maritime est la protection et la sauvegarde du milieu marin. La mer est un monde vivant d'une grande richesse ; cet espace est fragile et il faut le préserver pour les générations futures.

C'est ce que nous appelons le développement durable. L'humanité doit donc avoir une gestion maitrisée et éclairée de l'exploitation des ressources que nous apporte le milieu marin.

Ce domaine "protection et sauvegarde du milieu marin" est important et vaste ; le préfet maritime a plusieurs missions, il doit :

• Réguler le trafic maritime pour éviter des abordages ou des accidents pouvant entrainer des pollutions ;
• Assurer la protection du milieu marin en régulant les diférentes activités en mer (exploitation de fonds marins comme l'extraction de sable et de gravier, implantation de nouvelles énergies marines renouvelables, telles que les éoliennes ou hydroliennes, pêche, rejets de déblais...) ;
• Faire respecter les lois et les règles de navigation assurant l'équilibre écologique dans certaines zones comme les parcs naturels marins ;
• Lutter contre les différentes pollutions maritimes.

Pour cela, le préfet maritime agit en amont par prévention (arrêtés préfectoraux et communications), par contrôle et, si cela est nécessaire, par répression si les pollutions sont volontaires.

Ainsi, pour éviter les risques de pollution, des règles sont imposées aux usagers de la mer ; elles sont très précises, diffusées et connues de tous. Pour s'assurer de leur respect, le préfet maritime coordonne quotidiennement des contrôles en mer avec des moyens terrestres (CROSS et sémaphores), nautiques (navires, vedettes) et aériens (avions et hélicoptères). En cas d'infraction, les agents chargés des contrôles (Douanes, Affaires maritimes, Marine nationale, Gendarmerie) peuvent verbaliser.

Si le délit est grave (pollution importante par exemple), le dossier est transmis au procureur de la République qui peut engager des poursuites judiciaires.